从解剖学角度看，现代医学始终未能找到与经络完全契合的实体结构，无论是血管、神经，还是其他已知组织。科学讲求物质基础与可重复观测，经络却更像是一种功能性概念，而非具体物理实体，这让其在 “可验证现实” 范畴内备受质疑。比如，在精密的解剖实验中，找不到如同血管般清晰可见的经络管道。
然而，现象层面却呈现出不一样的景象。针灸的镇痛、调节等功效已被部分临床研究证实，像刺激特定穴位能促使人体释放内啡肽从而缓解疼痛。世界卫生组织也认可针灸对一些病症的治疗效果。只不过，目前对其作用机制的解释多基于神经 – 内分泌网络，并非传统的经络理论，这表明现象有效性和理论解释存在分离现象。
矛盾之处在于，科学尝试将经络对应到已知生理系统，如筋膜传导、生物电通路等，但这些解释只是零散碎片，无法完整勾勒出传统经络的循环全貌。科学在应对可体验现实时，有时会不恰当地简化深层现实模型，在经络研究上，就表现为难以用现有科学体系完整阐释复杂的经络理论 。